A cerca de 3 meses eu precisei mudar o drive onde os arquivos ficavam originalmente (c:\WSUS). Foi necessário entrar no registry e alterar manualmente o caminho, mas depois funcionou normalmente. A chave é HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Update Services\Server\Setup.

Porem ontem o problema foi mais dificil de resolver. O nosso servidor WSUS foi promovido (parabens servidor !!!) a um Domain Controller. O problema é que isso gerou a quebra dos SIDs que eram utilizados no SQL Server Express, já que não utilizamos o Windows Internal Database. O processo foi meio complicado:

1) Deletar a base de dados SUS no SQL Server 
2) Desinstalar o IIS ou apagar o site WSUS e o Application Pool WSUS
3) Apagar toda a chave de registry HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Update Services
4) Rodar o programa que limpa as informações sobre a instalação existente: MSIZAP T {2C0D7E35-EE6E-4DC7-BA13-2C68AEDEB59D} Entrar no registry e apagar todas as entradas de serviço do WSUS, são diversos em HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services
5) Verifique se os diretórios C:\Program Files\Update Services e o diretório de instalação do SQL Server estão limpos ou deletados
6) Reinstale o IIS
7) Reinstale o WSUS

Este método não é o melhor, pois vc perdeu todas as configurações e será necessário reconfigurar, porem ao fazer a sincronização não será necessário baixar novamente os pacotes, apenas a base do MBSA.

No Windows 2008 x64 tive um problema com instalar antivirus, pois em servidores os usuais (AVG, Avira, etc) não rodam. A solução, como sou assinante do TechNet, foi instalar o ForeFront Client Security.

Achei muito bom, eis os motivos:

1- Não pesou nada na maquina, menos que o Avira que utilizava antes
2- A interface do Windows Defender ajudou muito, pois é conhecida e simples
3 -A integração com os recursos já existentes no Defender como o Software Explorer lhe dá um passo a frente a outros produtos que apenas fazer o scan

Ah, mas tem a questão do Console, mas isso se resolve facilmente. Acesse o diretório "Client" dentro do CD e execute no command prompt o "ClientSetup.exe" com o parametro /nomom, ou seja, ClientSetup /nomom e resolvido !!!!

Ultimo detalhe, se você não é assinante TechNet mesmo assim pode instalar o ForeFront por 120 dias em http://technet.microsoft.com/pt-br/bb738009.aspx

Recentemente notei que a minha maquina estava com uso de cpu alto, mesmo quando inativa. Ao utilizar o ProcEXP (http://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/bb896653.aspx) notei que isto vinha do DPC. O que significa isso?
DPCs são processos que chamam um hardware ou driver e este não responde.

Qual a solução neste caso?
1) Abra o ProcEXP e verifique se algum processo é o causador, fazendo a comparação entre os percentuais de CPU. Ao encontrar o processo, encontrou o hardware que ele utiliza. Desabilite e habilite novamente.

2) Se não encontrou o processo siga o mesmo modo, porem com todos os hardwares que utilizou, desabilitando e habilitando novamente até encontrar o que resolve.

3) Verifique se existe um driver mais novo, que provavelmente resolve as chamadas que ficaram inválidas.

No meu caso era a placa de rede, uma vez que ao hibernar eu estava utilizando cabo e ao reiniciar utilizei a placa wifi. O Windows se "confundiu" e ainda procurava a placa de rede.